Ngày 16-6-1988, Bộ trưởng Trần Văn Phác đã ký quyết định số 592/VH-QĐ hợp nhất các Viện Văn hóa, Viện Nghiên cứu Sân khấu, Viện Âm nhạc và Múa, Viện Mỹ thuật và tạp chí Nghiên cứu Văn hóa Nghệ thuật để thành lập Viện Văn hóa Nghệ thuật Việt Nam. Tại phía Nam, tổ thường trú phía Nam của Viện Văn hóa và Phân viện Âm nhạc và Múa của Viện Âm nhạc và Múa được hợp nhất thành Viện Văn hóa Nghệ thuật tại thành phố Hồ Chí Minh. Đây là tiền thân của Phân viện Văn hoá Nghệ thuật quốc gia Việt Nam tại thành phố Hồ Chí Minh hiện nay.

Phân viện Văn hóa Nghệ thuật quốc gia Việt Nam tại thành phố Hồ Chí Minh là đơn vị trực thuộc Viện Văn hóa Nghệ thuật quốc gia Việt Nam. Ngày 14 tháng 10 năm 2014, Bộ trưởng Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch ban hành Quyết định số 3386/QĐ-BVHTTDL Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Phân viện Văn hoá Nghệ thuật quốc gia Việt Nam tại thành phố Hồ Chí Minh. Theo đó, Phân viện Văn hoá Nghệ thuật quốc gia Việt Nam tại thành phố Hồ Chí Minh là tổ chức sự nghiệp khoa học, có chức năng nghiên cứu, triển khai hoạt động khoa học về văn hoá, nghệ thuật và văn hoá du lịch tại các tỉnh Nam Bộ và Nam Tây Nguyên, với các nhiệm vụ:

- Tham gia, thực hiện các nhiệm vụ do Viện trưởng Viện Văn hoá Nghệ thuật quốc gia Việt Nam phân công; phối hợp tham gia và hỗ trợ các hoạt động chuyên môn của Viện trên địa bàn các tỉnh Nam Bộ và Nam Tây Nguyên.

- Xây dựng kế hoạch nghiên cứu dài hạn, hàng năm của Phân viện về lý luận, lịch sử, văn hoá, gia đình, nghệ thuật, thể thao và du lịch ở các tỉnh Nam Bộ và Nam Tây Nguyên trình Viện trưởng Viện Văn hoá nghệ thuật quốc gia Việt Nam và tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt.

- Chủ động xây dựng kế hoạch hợp tác, liên doanh, nhận tài trợ của các cơ quan, đơn vị, cá nhân trên địa bàn các tỉnh Nam Bộ và Nam Tây Nguyên; góp vốn bằng tiền, tài sản, giá trị quyền sở hữu trí tuệ để hoạt động khoa học và công nghệ; báo cáo và tổ chức thực hiện theo sự chỉ đạo của Viện trưởng Viện văn hoá nghệ thuật quốc gia Việt Nam; phối hợp chặt chẽ với Phân viện Văn hoá Nghệ thuật quốc gia Việt Nam tại Huế trong hoạt động chuyên môn trên địa bàn các tỉnh Duyên hải miền Trung, Bắc Tây Nguyên.

- Xây dựng kế hoạch hoạt động dịch vụ về nghiên cứu khoa học, tư vấn bảo tồn và phát huy các giá trị di sản văn hoá nghệ thuật phù hợp trên địa bàn các tỉnh Nam Bộ và Nam Tây nguyên theo quy định hiện hành.

- Phối hợp với các Phòng, Ban, Khoa, Tạp chí Văn hoá học của Viện Văn hoá Nghệ thuật quốc gia Việt Nam, tổ chức các hoạt động: Hội nghị, Hội thảo, Toạ đàm khoa học về văn hoá nghệ thuật và văn hoá du lịch trên địa bàn các tỉnh Nam Bộ và Nam Tây Nguyên; xây dựng kế hoạch xuất bản sách; kỷ yếu hội thảo khoa học; tham gia viết bài cho tạp chí, đăng tải trên website; phát hành Tạp chí tại các tỉnh Nam Bộ, Nam Tây Nguyên; tham gia các hoạt động hội nhập quốc tế về khoa học và công nghệ, báo cáo, tổ chức thực hiện theo sự chỉ đạo của Viện trưởng và quy định pháp luật.

- Cải tiến công tác quản lý, hoàn thiện bộ máy tổ chức của Phân viện theo hướng hoạt động hiệu quả, phù hợp chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Viện Văn hoá Nghệ thuật quốc gia Việt Nam và thực tiễn đặt ra trên địa bàn các tỉnh Nam Bộ, Nam Tây Nguyên và theo quy định pháp luật.

- Quản lý tài sản, tài chính, tư liệu, công chức, viên chức và người lao động theo quy định pháp luật.

- Thực hiện các nhiệm vụ khác do Viện trưởng Viện Văn hoá nghệ thuật quốc gia Việt Nam giao.
Phân viện có trụ sở chính tại số 61 Mạc Đĩnh Chi, phường Đa Kao, Q.1, thành phố Hồ Chí Minh (bộ phận nghiên cứu và hành chính) và số 2 Trần Quý Khoách, phường Tân Định, Q.1, thành phố Hồ Chí Minh (Trung tâm kỹ thuật, ngân hàng dữ liệu di sản văn hoá phía nam) 

Về cơ cấu bộ máy, Phân viện có: Trung tâm Kỹ thuật, Dữ liệu Di sản văn hoá; Phòng Hành chính, Quản trị; Ban Nghiên cứu Chính sách Văn hoá Nghệ thuật Nam Bộ; Ban Nghiên cứu Chính sách Văn hoá Nghệ thuật Nam Tây Nguyên. Năm 2016, Phân viện có 20 viên chức và người lao động.

Chi bộ Phân viện Văn hoá Nghệ thuật quốc gia Việt Nam tại thành phố Hồ Chí Minh là Chi bộ trực thuộc Đảng ủy Khối Cơ sở Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch phía Nam với 10 đảng viên chính thức. Tổ chức Công đoàn cơ sở Phân viện có 20 đoàn viên.